Γεννήθηκε την 1η Οκτωβρίου του 1846 στην Συλήβρια της Θράκης και το κοσμικό του όνομα ήταν Αναστάσιος.
Ήταν το πέμπτο από τα έξι παιδιά του Δήμου και της Βασιλικής Κεφαλά. Σε ηλικία 14 ετών πήγε στην Κωνσταντινούπολη όπου εργάστηκε σαν υπάλληλος και παιδονόμος στο σχολείο του Μετοχίου του Παναγίου Τάφου.
Μετέπειτα πήγε στην Χίο όπου από το 1866 μέχρι το 1876 υπηρέτησε σαν δάσκαλος στο χωριό Λίθειο.
Το 1876 έγινε μοναχός στην Νέα Μονή Χίου με το όνομα Λάζαρος, και στις 15 Ιανουαρίου του 1877 χειροτονήθηκε διάκονος με το όνομα Νεκτάριος, από τον Μητροπολίτη Χίου Γρηγόριο (1860 –1877), και ανέλαβε την Γραμματεία της Μητρόπολης.
Το 1881 κατέβηκε στην Αθήνα όπου με έξοδα του Πατριάρχη Αλεξανδρείας Σωφρονίου Δ΄ σπούδασε Θεολογία, και τέλος χειροτονήθηκε, από τον ίδιο Πατριάρχη πρεσβύτερος, αναλαμβάνοντας καθήκοντα γραμματέα και ιεροκήρυκα του Πατριαρχείου. Στις 15 Ιανουαρίου του 1889 χειροτονήθηκε Μητροπολίτης Πενταπόλεως Αιγύπτου.
Η δράση του σαν Μητροπολίτης ήταν καταπληκτική, και τον καθιστούσε σαν έναν από τους βασικούς υποψηφίους διαδόχους του Πατριαρχικού θρόνου της Αλεξάνδρειας.
Αυτό όμως προκάλεσε τον φθόνο της Πατριαρχικής Αυλής, και είχε σαν αποτέλεσμα ο Νεκτάριος να επιστρέψει στην Ελλάδα, για να μη στεναχωρήσει τον Πατριάρχη Σωφρόνιο τον οποίο εκτιμούσε βαθύτατα. Στην Ελλάδα διετέλεσε ιεροκήρυκας στην Εύβοια, Φθιώτιδα, Φωκίδα και διευθυντής στην Ριζάρειο Εκκλησιαστική Σχολή στην Αθήνα.
Όταν χήρεψε ο Πατριαρχικός θρόνος της Αλεξανδρείας, πρότειναν στον Νεκτάριο να διαδεχθεί τον Σωφρόνιο, αλλά αρνήθηκε. Τα κηρύγματά του τα παρακολουθούσαν πλήθη κόσμου, που κρέμονταν από τα χείλη του.
Το 1904 έκτισε την γυναικεία μονή της Αγίας Τριάδας στην Αίγινα, και εγκαταστάθηκε εκεί, γράφοντας πολλά συγγράμματα και κάνοντας πολλές φιλανθρωπίες.
Στο τέλος του βίου του έλαβε το χάρισμα από τον θεό να κάνει θαύματα, που συνεχίστηκαν και μετά τον θάνατό του.
Πέθανε στις 8 Νοεμβρίου του 1920 και ενταφιάστηκε στην Μονή της Αγίας Τριάδας στην Αίγινα. Στις 20 Απριλίου του 1961 ανακηρύχτηκε Άγιος της Ορθόδοξης εκκλησίας και η μνήμη του τιμάται στις 9 Νοεμβρίου. Θεωρήθηκε ο Άγιος του 20ου αιώνα.
Απολυτίκιον
«Σηλυβρίας τον γόνον και Αιγίνης τον έφορον, τον εσχάτοις χρόνοις φανέντα, αρετής φίλον γνήσιον, Νεκτάριον τιμήσωμεν πιστοί, ως ένθεον θεράποντα Χριστού. αναβλύζει γάρ ιάσεις παντοδαπάς, τοις ευλαβώς κραυγάζουσι. δόξα τώ σέ δοξάσαντι Χριστώ, δόξα τώ σε θαυμαστώσαντι, δόξα τώ ενεργούντι διά σού, πάσιν ιάματα».
