Τοποθετήθηκε στην ηγεσία των Ενόπλων Δυνάμεων, το Νοέμβριο του 2011, μέχρι και το Νοέμβριο του 2015 (από τους μακροβιότερους στη θέση του Α/ΓΕΕΘΑ), όταν και εκλέχτηκε  πρόεδρος της Στρατιωτικής Επιτροπής της Ευρωπαϊκής Ένωσης και με απόφαση του Συμβουλίου Εξωτερικών Υποθέσεων της ΕΕ. Ο Στρατηγός Μιχάλης Κωσταράκος έφυγε από τη ζωή, στα 67 του χρόνια, μετά τη μάχη του με τον καρκίνο. Καλό του ταξίδι.