Ο Άγιος Ραφαήλ γεννήθηκε στους Μύλους της Iθάκης το έτος 1410 και το πραγματικό του όνομα ήταν Γεώργιος Λάσκαρης ή Λασκαρίδης.

Η οικογένειά του ήταν οικονομικά εύπορη, γεγονός που έδωσε στο Γεώργιο τη δυνατότητα να αποκτήσει ευρύτερη παιδεία.

Σπούδασε στη σχολή του Ζαχαρία Αγγέλου, όπου διδάχθηκε Ελληνικά, Λατινικά, Ιταλικά και Γαλλικά. Στη συνέχεια κοντά στον ιατροφιλόσοφο Παράσχο Καζούλη, διδάχθηκε την Ιατρική Επιστήμη. Το 1427 αναχώρησε για το Μυστρά, όπου παρακολούθησε μαθήματα στη σχολή φιλοσοφίας του Γεωργίου Πλήθωνος Γεμιστού και εκεί συνδέθηκε φιλικά με το μετέπειτα αυτοκράτορα Κωνσταντίνο Παλαιολόγο.

Το 1431 κατατάχθηκε σαν αξιωματικός στις Δυνάμεις του Βυζαντινού Στρατού και λόγω της ξεχωριστής μόρφωσής του προήχθη σε εκατόνταρχο και υπασπιστή του πρίγκιπα Θωμά Παλαιολόγου με έδρα την Καλαμάτα, ενώ παράλληλα κοντά στο γιατρό Μελισσηνό, τελείωσε τις ιατρικές σπουδές του.

Ο Γεώργιος ήδη είχε γίνει πασίγνωστος για την παιδεία, τις ικανότητες, την ανδρεία και το σπάνιο χαρακτήρα του.

Το 1437, Χιλίαρχος - Ιατρός πλέον, επιλέχθηκε για την ακολουθία του αυτοκράτορα Ιωάννη Η’ Παλαιολόγου, ως επιτελής αξιωματικός του Πρίγκιπα Δημητρίου, που θα συνόδευε τον Αυτοκράτορα στη Σύνοδο Φεράρας - Φλωρεντίας.

Λίγο αργότερα, επιστρέφοντας από μία πολεμική επιχείρηση, πέρασε από τη Μονή του Τιμίου Προδρόμου Σερρών, όπου ο Γεώργιος συνάντησε δύο μοναχούς, το Γεννάδιο Σχολάριο, το μετέπειτα Πατριάρχη και το Γέροντα Ιωάννη, ο οποίος έπεισε το Γεώργιο να εγκαταλείψει το στράτευμα και να ακολουθήσει το μοναχισμό. Έτσι, το 1445, σε ηλικία 35 ετών, ο Γεώργιος εκάρη Μοναχός από τον Ηγούμενο της Ιεράς Μονής Τιμίου Προδρόμου και πήρε το όνομα Ραφαήλ.

Ο πατήρ Ραφαήλ έζησε στη Μονή κοντά στο Γέροντα  μέχρι το θάνατό του, γενόμενος Διάκονος, Ιερεύς και τελικά Αρχιμανδρίτης. Αργότερα πήγε στην Αθήνα, όπου λειτουργούσε σαν ιερεύς στο ναό του Αγίου Δημητρίου του Λαμπαδιάρη, κηρύσσοντας το λόγο του θεού στο λόφο του Φιλοπάππου. 

Όταν το 1449 ανέβηκε στο θρόνο της Βασιλεύουσας ο Κωνσταντίνος Παλαιολόγος, ο πατήρ Ραφαήλ πήγε στην Κωνσταντινούπολη, για να συναντήσει τον παλιό του φίλο και να τον συγχαρεί και εκείνος, εκτιμώντας την προσωπικότητά του, τον κράτησε στη Βασιλεύουσα και τον τοποθέτησε στο αξίωμα του Πρωτοσύγκελου.

Το Οικουμενικό Πατριαρχείο γνωρίζοντας τις ικανότητές του, τον έστειλε επανειλημμένα ως εκπρόσωπό του σε πολλά Θεολογικά και Ιατρικά Συνέδρια στο εξωτερικό, ονομάζοντάς τον Οικουμενικό Ιεροκήρυκα, τίτλος που τον διευκόλυνε να μεταβαίνει σε πολλές πόλεις και να κηρύττει την Ορθόδοξη Χριστιανική Πίστη. 

Το έτος 145Ι, κατά τη διάρκεια ενός Συνεδρίου στη Γαλλική πόλη Μορλαί, ο Ραφαήλ γνωρίστηκε με έναν 27ετή νέο Έλληνα φοιτητή της Νομικής, το Νικόλαο. Ο Νικόλαος είχε γεννηθεί το έτος 1424 και είχε καταγωγή από τη Θεσσαλονίκη.

Οι γονείς του κατάγονταν από τη Ραγή της Μηδίας. Γνωρίζοντας το Ραφαήλ, ο Νικόλαος  αποφάσισε να εγκαταλείψει τις σπουδές του και να ακολουθήσει το μοναχικό βίο. Χειροτονήθηκε διάκονος και από τότε ακολουθούσε πάντοτε το φίλο του και συνοδοιπόρο του.

Στις 12 Δεκεμβρίου του 1452 και ενώ ο Πρωτοσύγκελος πατήρ Ραφαήλ με το Νικόλαο βρίσκονταν στην Κωνσταντινούπολη, ο αυτοκράτορας Κωνσταντίνος οργάνωσε επίσημο συλλείτουργο στην Εκκλησία της Αγίας Σοφίας με αντιπρόσωπο του πάπα τον καρδινάλιο Ισίδωρο, στα πλαίσια της ενωτικής πολιτικής που εφάρμοζε, θεωρώντας ότι θα σωθεί η Βασιλεύουσα με τη βοήθεια του πάπα, από τον ασφυκτικό τουρκικό κλοιό.

Ο Πρωτοσύγκελος Ραφαήλ δεν θέλησε να παραστεί, με αποτέλεσμα να θυμώσει ο αυτοκράτορας και να τον τιμωρήσει  με προσωρινή εξορία στον Αίνο της Θράκης.

Η πτώση της Κωνσταντινούπολης βρήκε τους δύο Αγίους στην Αλεξανδρούπολη, απ΄ όπου αναχώρησαν για τη Λέσβο και εγκαταστάθηκαν στο παλαιό και κατεστραμμένο από πειρατές μοναστήρι των Καρυών της Θέρμης, στο οποίο ζούσε ένας και μόνο μοναχός, ο Ρουβείμ.

Το 1463 η Λέσβος έπεσε στα χέρια των Τούρκων, οι οποίοι σε μια από τις επιδρομές τους έφθασαν στη Μονή και συνέλαβαν τον ηγούμενο Ραφαήλ, το Νικόλαο, τον πρόεδρο της κοινότητας Θέρμης, τη σύζυγό του, την κόρη του Ειρήνη και το δάσκαλο Θεόδωρο, που βρίσκονταν εκείνη την ώρα εκεί. 
Τα βασανιστήρια που υπέστησαν, ήταν πολύ σκληρά και μαζί με τους δυο Αγίους μαρτύρησαν η δωδεκάχρονη Ειρήνη, ο πατέρας της Βασίλειος, η σύζυγός του Μαρία, το μόλις πέντε ετών παιδί τους Ραφαήλ, η ανεψιά τους Ελένη, ο δάσκαλος Θεόδωρος και ο ιατρός Αλέξανδρος, των οποίων τα οστά βρέθηκαν κοντά στους τάφους των Αγίων.

Το μαρτύριό τους συνέβη την Τρίτη της Διακαινησίμου, στις 9 Απριλίου του έτους 1463. Έπειτα από θαυματουργικές υποδείξεις των Αγίων Ραφαήλ, Νικολάου και Ειρήνης, έγινε γνωστή η ύπαρξη των λειψάνων τους και υποδείχθηκαν τα σημεία, όπου βρίσκονταν οι τάφοι τους. Οι πρώτες πληροφορίες για την ύπαρξη των Αγίων ιστορούνται με θαυματουργικό και αποκαλυπτικό τρόπο από το έτος 1959.

Από μία ανασκαφή που έγινε στη Θέρμη της Λέσβου, ανακαλύφθηκε ο τάφος ενός αγνώστου προσώπου, που, όπως αποκαλύφθηκε σε συνεχή οράματα, ανήκε στον Άγιο Ιερομάρτυρα Ραφαήλ, ο οποίος μαρτύρησε μαζί με τον Άγιο Οσιομάρτυρα Νικόλαο και την Αγία Ειρήνη. Ο τάφος και το λείψανο του Αγίου Νικολάου ανακαλύφθηκε στις 13 Ιουνίου 1960.

Στον τόπο του κατεστραμμένου μοναστηριού δεν υπήρχε τίποτε εκτός από ένα μικρό ετοιμόρροπο εκκλησάκι, στο οποίο ανέβαιναν να λειτουργήσουν κάθε Λαμπροτρίτη οι κάτοικοι της Θέρμης. Χωρίς να ξέρουν το γιατί, γιόρταζαν αυτή και όχι άλλη μέρα. Και η τοποθεσία είχε πάρει το όνομα «Καλόγερος», γιατί πολλοί έβλεπαν να περιφέρεται εκεί μια σκιά, σαν να ήταν ένας ψηλός κατά το ανάστημα καλόγερος.

Το 1959 θέλησαν οι ευσεβείς ιδιοκτήτες του ελαιοκτήματος, Άγγελος και Βασιλική Ράλλη, να χτίσουν στην ίδια θέση, που ήταν το παλιό, ένα νέο εκκλησάκι.

Έτσι στις 29 Ιουνίου του 1959 άρχισαν οι εργασίες, αλλά στις 3 Ιουλίου και σε αρκετό βάθος, που έσκαβαν, για να ανοίξουν τα θεμέλια, βρέθηκε ένας τάφος σχηματισμένος με πέτρες άπλες και οστά, που φαινόταν να ήταν πολλών ετών.

Η ιδιοκτήτρια του ελαιοκτήματος έγραψε τότε σχετικά με την εύρεση του τάφου στον αείμνηστο Φώτη Κόντογλου, που ζητούσε πληροφορίες, για να γράψει στο βιβλίο του «Σημείο Μέγα», τα παρακάτω :

«Ήρχισε το άνοιγμα των θεμελίων. Εις το μέσον του ναϋδρίου υπήρχε μια πέτρα, την οποία, όταν πήγαν να βγάλουν οι εργάτες, είδαν ότι προχωρούσε καθέτως σε μεγάλο βάθος, ως να είχε τοποθετηθεί σκόπιμα.

Στο τέλος σταματούσε πάνω σε μια πλάκα, κάτω από την οποία υπήρχε μνημείον με ανθρώπινον σκελετόν άθικτον. Η κεφαλή απείχε 30 πόντους από το κυρίως σώμα, έλειπε δε η κάτω σιαγών.

Ήταν τα χέρια σταυρωμένα και είχε στο στόμα κεραμίδι με χαραγμένο σταυρό.

Οι εργάτες έβγαλαν τα οστά και τα έθεσαν στη ρίζα ενός δένδρου, όπου και παρέμειναν έως δέκα ημέρες. Η εύρεσις έγινε εις τις 3 Ιουλίου. Από εδώ αρχίζει η ιερά υπόθεσις των αγίων...».

Αυτές τις δέκα ημέρες άρχισαν τα παράδοξα φαινόμενα, κρότοι ανεξήγητοι, οράματα πολλά σε πολλούς, που ούτε για τη θρησκευτικότητά τους ήταν γνωστοί, μάλλον δε σε μερικούς το αντίθετο συνέβαινε, όνειρα πολλά ανδρών και γυναικών, αποκαλύψεις, οδηγίες για τον τρόπο που πρέπει να γίνουν ανασκαφές, για την εύρεση όλων των τάφων και των λειψάνων των Αγίων και άλλων αντικειμένων.

Σε διάστημα δύο ετών βρέθηκαν όλοι οι τάφοι, το πιθάρι που έκαψαν την Ειρήνη, ο τάφος της μοναχής Ολυμπίας, ηγουμένης κατά το 1235, η σιαγόνα του Αγίου Ραφαήλ, που δεν βρέθηκε στον τάφο του Αγίου αλλά σε άλλη θέση που υπέδειξε ο Άγιος, το Αγίασμα, μετάλλινη εικόνα του Παντοκράτορα και άλλα ευρήματα.
Η μνήμη τους τιμάται ανάλογα με τη γιορτή του Πάσχα, την Τρίτη μέρα.

Ἀπολυτίκιον.

«Τῆς Ἰθάκης τὸν γόνον καὶ τῆς Λέσβου τὸ καύχημα, Ὀσιομαρτύρων τὴν δόξαν, Ῥαφαὴλ εὐφημήσωμεν, ἀρτίως γὰρ ἡμῖν φανερωθείς, ἰάματα πηγάζει τοῖς πιστοῖς, καὶ κατ’ ὄναρ καὶ καθ’ ὕπαρ ὑπερφυῶς ὀπτάνεται τοῖς κράζουσι· Δόξα τῷ δεδωκότι σοι ἰσχύν, δόξα τῷ σὲ θαυμαστώσαντι, δόξα τῷ ἐκπληροῦντι διὰ σοῦ, ἡμῶν τὰ αἰτήματα».